Miljøgarantien er populærnavnet for en bestemmelse i Traktaten om den Europæiske Unions funktionsmåde (tidligere EF-traktaten), der under visse omstændigheder giver medlemslandene lov til at opretholde deres nationale regler, selv om der er vedtaget EU-harmoniseringsregler om det indre marked. Ifølge bestemmelsen er der også mulighed for, at et medlemsland kan indføre nye nationale regler baseret på nyt videnskabeligt grundlag for miljøbeskyttelse eller beskyttelse af arbejdsmiljøet på grund af et problem, der er specifikt for den pågældende medlemsstat.