Miljø- og Fødevareudvalget 2020-21
L 77
Offentligt
2299441_0001.png
26.
15. november 2020
Notat om den seneste udvikling af SARS-CoV2 på minkfarme og blandt mennesker
Notatet omfatter følgende afsnit:
Udvikling af SARS-CoV2 smittede farme
Påviste tilfælde af SARS-CoV2 blandt personer med tilknytning til
minkproduktion
Regional forekomst af SARS-CoV-2 positive personer, sekventerede prøver og
minkvarianter
Status for efterforskning af SARS-CoV-2-udbrud på pelserier
Sammenfatning
I alt 289 minkfarme har fået konstateret SARS-CoV-2 i besætningen, og dertil var 22
farme d. 24/11-20 under mistanke. På landsplan er der den seneste uge set betydeligt færre
nye SARS-CoV-2-smittede minkfarme i Region Midtjylland og Region Syddanmark og
slet ingen i Region Nordjylland, hvilket formentlig skyldes, at langt de fleste
minkbesætninger er blevet saneret eller aflivet til pelsning, afhængig af forudgående
smittestatus. I modsætning til dette er der sket en bemærkelsesværdig markant stigning i
andelen af personer, der har tilknytning til minkproduktion, der har fået påvist SARS-
CoV-2 i Region Midtjylland og Region Syddanmark. Stigningen er sket en til to uger
efter starten på saneringen og den samtidige aflivning til pelsning, hvilket indikerer, at
håndtering af mink i forbindelse med aflivning muligvis kan have været forbundet med
en betydelig smitterisiko. Samtidig er der forekommet udbrud af SARS-CoV-2 på 6 store
og et ukendt antal mindre pelserier. Det kan ikke udelukkes at der kan have være leveret
smittede mink til pelsning, dette undersøges nærmere. Det forventes, at antallet af
personer med relation til minkproduktion, der smittes med SARS-CoV-2 vil falde når der
ikke længere håndteres levende eller aflivede mink.
Bemærk venligst, at sekvensresultaterne i de foregående uger har ændret sig i denne
rapport. Dette skyldes, at der siden sidste notat er blevet sekventeret flere virusprøver fra
disse uger, særligt i Region Nordjylland. Andelen af minkvarianten i sekventerede
virusprøver fra befolkningen i Region Nordjylland har ligget stabil på ca. 20% de seneste
uger. I Midtjylland er andelen af minkvarianten i virusprøver fra befolkningen steget til
ca. 25% i uge 46, mod ca. 12% i uge 45. I Syddanmark er andelen af minkvarianten i
befolkningen steget fra 2 % til ca. 9%, hvilket formentlig er en undervurdering, da mindst
to nye virusvarianter er blevet introduceret på minkfarme i området i forbindelse med at
de første farme blev smittet i Vejle og Esbjerg kommuner. Disse nye virusvarianter er
ikke nært beslægtede med den oprindelige minkvariant, og de kan endnu ikke
identificeres med sikkerhed blandt andre sekvenstyper. Arbejde med dette pågår. I de
øvrige regioner ses fortsat sporadiske tilfælde af personer smittet med minkvarianten.
1
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0002.png
Udvikling af smittede farme
Den 24. november 2020 har i alt 289 minkfarme været smittet, som alle er saneret, og 22
er under mistanke, men endnu ikke bekræftet smittede (tabel 1, Fødevarestyrelsen 24/11-
20).
Kommune/Postnr. og By
Mistænkt
Herning
2
Holstebro
5
Horsens
1
Lemvig
2
Morsø
1
Rebild
1
Ringkøbing-Skjern
4
Struer
2
Varde
1
Vesthimmerlands
1
Viborg
1
Aalborg
1
I alt
22
Tabel 1:
Fordeling af minkfarme under mistanke for smitte på kommuner
(Fødevarestyrelsen 24/11-20).
De nye mistænkte farme er primært beliggende i det vestlige og nordvestlige Jylland
(tabel 1).
Figur 1.a:
Antal nye påviste SARS-CoV-2-positive minkfarme pr uge, fordelt på
regioner (tal fra FVST 24/11-20).
Side 2
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0003.png
Aflivning af mink fra farme i aflivningszoner, samt afpelsning af besætninger uden for
zonerne pågår i disse uger. Dette er sandsynligvis årsagen til, at der ses et markant fald i
antallet af nye smittede farme (figur 1. a).
Figur 1.b:
Kumuleret forekomst af SARS-CoV-2-positive minkfarme pr uge fordelt på
regioner, som procent af det samlede antal farme i den pågældende region (tal fra FVST
24/11-20).
I Region Nordjylland nåede 46% af minkfarmene at blive bekræftet SARS-CoV-2-
positive inden udgangen af uge 47. I Region Midtjylland er det tilsvarende tal 18%, og i
Region Syddanmark er det 7% (figur 1.b).
Side 3
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0004.png
Figur 2:
Kumuleret antal SARS-CoV-2-positive minkfarme pr uge fordelt på kommuner
(tal fra FVST 24/11-20).
Som det ses af figur 2, udviklede antallet af smittede farme i Hjørring og Frederikshavns
kommuner sig først med stigende hastighed. Herefter blev 4 af de 8 farme på Læsø
smittet. I Jammerbugt kommune blev smitten introduceret i et meget minktæt område i
Gjøl, hvilket sandsynligvis er grunden til den meget bratte stigning i denne kommune.
Som det fremgår af figur 2, blev enkelte minkfarme i 20 yderligere kommuner smittet i
perioden fra uge 39 til 47. De to kommuner med flest minkfarme i Danmark, Holstebro
og Ringkøbing-Skjern var blandt disse, og det er fortsat disse kommuner, hvor der var
flest nye mistænkte smittede farme den seneste uge (tabel 1). En samtidig spredning af
smitte fra de første smittede farme i flere kommuner i Region Midtjylland, var formentlig
forklaringen på den bratte stigning i regionen (figur 1.b). Stigningen i antal nye smittede
farme er ikke fortsat i uge 47, hvilket sandsynligvis skyldes at de fleste farme er saneret
eller nedpelset, hvorefter, der ikke p.t. følges op på smittestatus. Til gengæld er antallet
af smittede personer med tilknytning til minkfarme steget markant (figur 3.a og b).
Bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 hos personer med tilknytning til
minkproduktion og pelserier
Denne opgørelse er baseret på SARS-CoV-2 PCR-positive prøver fra personer med kendt
bopæl på produktions- eller ejer-adresser for minkfarme, og inkluderer ikke
sekvensresultater.
Som det fremgår af figur 3.a, sås en faldende forekomst af nye tilfælde af SARS-CoV-2
blandt personer med tilknytning til minkproduktion i Region Nordjylland i uge 43-45,
hvorefter der igen forekom en mindre stigning i det ugentlige antal smittede i uge 46 og
47 på trods af en generel nedgang i ugentlige smittede i Region Nordjylland (figur 5.a).
Samtidigt har forekomsten af SARS-CoV-2-positive personer med tilknytning til
minkproduktion i Region Midtjylland været stærkt stigende fra uge 40, og var fortsat høj
i uge 47. En tilsvarende markant stigning er set i Region Syddanmark fra uge 43 (figur
3.a og b).
Side 4
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0005.png
Figur 3.a:
Forekomst af nye tilfælde af SARS-CoV-2 hos personer med bopæl på
minkfarme og/eller ejer adresser pr. uge, fordelt på regioner.
Figur 3.b:
Kumuleret forekomst af tilfælde af SARS-CoV-2 hos personer med bopæl på
minkfarme og/eller ejer adresser pr. uge, fordelt på regioner. Angivet i procent af alle
personer med kendt tilknytning til minkproduktion pr. region.
I alt er 321 (29%) af 1092 personer med tilknytning til minkproduktion og deres
husstandsmedlemmer blevet testet positive for SARS-CoV-2 i Region Nordjylland fra
Side 5
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0006.png
minkudbruddets start i juni frem til uge 47. Tilsvarende tal for Region Midtjylland er 18%
(214 af 1210 personer) og for Region Syddanmark 9 % (75 af 806 personer) (figur 3.b).
Til sammenligning er kun ca. 1,3 % af hele Danmarks befolkning blevet testet PCR-
positiv for SARS-CoV-2 siden epidemiens start (74.204 personer med bekræftet SARS-
CoV-2 ud af 5.837.213 personer). Som det ses af Figur 3. a og b, er der sket en betydelig
stigning i nye COVID-19-tilfælde hos personer med tilknytning til minkproduktionen de
seneste par uger, med en markant indflydelse på den kumulerede forekomst. Det
formodes, at de seneste ugers aktivitet med håndtering af mink, i form af aflivning til
pelsning og destruktion, har medført en forhøjet erhvervsrelateret risiko for at blive
smittet med SARS-CoV-2.
Det forventes, at efterhånden som nedslagning i aflivningszonerne og aflivning til
pelsning færdiggøres, vil færre personer med tilknytning til minkproduktion blive SARS-
CoV-2-positive. De mange smittede personer med tilknytning til mink, sammenholdt med
at der ifølge Styrelsen for Patientsikkerhed (STPS), er ca. 310 personer på 6 store og flere
mindre pelserier, der er testet positive for SARS-CoV-2. Der iværksættes undersøge lser
af om smittede mink kan være blevet leveret til pelsning.
Ud af 116 sekventerede virusprøver fra personer med tilknytning til minkproduktion, var
de 107 (92%) en minkvariant, og kun 9 prøver i denne gruppe tilhørte andre SARS-CoV-
2-typer.
I denne forbindelse skal nævnes, at der i blandt andet Esbjerg og Vejle kommuner er
forekommet farme, hvor minkene var smittet med andre SARS-CoV-2-typer end
minkvarianten. Så det er meget sandsynligt, at personer, der måtte indgå i smittekæder
med en af disse farme, ikke vil blive opdaget som værende smittet med en minkrelate ret
virustype. Arbejdet med at identificere disse nye virustyper i minkfarme, hos smitte de
personer tilknyttet disse farme, samt den videre spredning i det omgivende samfund eller
på pelserier er igangsat.
Som det ses af figur 4, har der i løbet af oktober været en forholdsvis beskeden andel af
personer med tilknytning til minkproduktion, som testede positive for SARS-CoV-2 i
Region Midtjylland, og kun enkelte i Region Syddanmark, hvorefter antallet af smittede
begyndte at stige i november måned.
I uge 46 var procentdelen af positive SARS-CoV-2 prøver fra personer med tilknytning
til minkproduktion 10 % i Region Nordjylland, 33 % i Region Midtjylland, og 22 % i
Region Syddanmark. I uge 47 var de tilsvarende tal 10% for Region Nordjylland, 23%
for Region Midtjylland, og steget til 29% i Region Syddanmark (figur 4). Til
sammenligning var procentdelen af positive prøver ud af alle PCR-prøver i befolkninge n
som helhed ca. 1,7 % i uge 47.
Der er altså fortsat en betydelig risiko forbundet med at være medlem af en husstand med
tilknytning til minkproduktion i områder med smittede minkbesætninger. Denne risiko
forventes at falde efterhånden som minkene på de resterende farme slås ned eller pelses.
Side 6
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0007.png
Figur 4:
Antal negative testede (blå) og antal SARS-CoV-2-positive (rød) pr. dag for
personer med tilknytning til minkproduktion i Region Nordjylland, Region Midtjylla nd
og Region Syddanmark.
Side 7
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0008.png
Regional forekomst af SARS-CoV-2 positive personer, sekventerede prøver og fund
af minkvariant
I det nedenstående afsnit opgøres antal SARS-CoV-2 PCR-positive prøver blandt alle
borgere, antal prøver der er sekventeret ved helgenomsekventering (WGS) og antal
prøver med minkvariant. En beskrivelse af definitionen for minkvariant kan findes bagest
i notatet.
Tallene for sekventerede prøver i de seneste uger har ændret sig en smule fra sidste uges
notat. Det skyldes at der er sekventeret flere prøver fra perioden. Disse ændringer påvirker
ikke konklusioner i tidligere rapporter. Flere sekvensresultater giver et mere sikkert
estimat af forekomsten af minkvarianten. Især prøver fra Region Nordjylland har været
opprioriteret i forhold til de øvrige regioner. Derfor bør især resultater fra uge 44-46
betragtes regionsvist.
Der er fundet minkfarme i Region Syddanmark smittet med varianter, der ikke hører ind
under den samlede betegnelse ”minkvariant”. For at vurdere
udbredelsen af disse
varianter i prøver fra personer, skal der foretages en mere grundig fylogenetisk analyse.
Dette arbejde pågår i øjeblikket, og rapporteres i en senere rapport. Der tages derfor
forbehold for, at nærværende opgørelser, der kun baseres på minkvariant som kilde til
smitte af mennesker med SARS-CoV-2 fra mink, kan være en underestimering af
minkfarmenes betydning for smitte i samfundet. Det formodes, at dette i særlig grad vil
gælde for Region Syddanmark, da det er her de første minkfarme smittet med en anden
virusvariant end minkvarianten blev identificeret.
Region Nordjylland:
I Region Nordjylland sås en faldende tendens i forekomsten af
påvist SARS-CoV-2 i befolkningen fra 817 i uge 44 til 356 i uge 47 (figur 5.a). Den
relative forekomst af SARS-CoV-2 minkvariant virus har været faldende fra uge 41 til
uge 44, men har de seneste uger (44-46) ligget stabilt omkring 20% (figur 5.b). I uge 45
og 46 er hhv. 45% og 47% af alle positive prøver fra Region Nordjylland blevet
sekventeret (tabel 3.a).
Side 8
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0009.png
Figur 5.a:
Grå: Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 i Region Nordjylland, uge 24-
47. Rød/gul: Antal sekventerede prøver.
Figur 5.b:
Relativ fordeling mellem SARS-CoV-2 mink variant virus og andre typer pr.
uge i Region Nordjylland, uge 24-46.
Side 9
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0010.png
Region Midtjylland:
I Region Midtjylland stiger antallet af smittede personer fortsat og
var i uge 47 på det hidtil højeste antal med 1718 nye tilfælde (figur 6.a). Det første tilfæ lde
med minkvariant sås i uge 40, med en stigende tendens frem mod uge 46, hvor andelen
af SARS-CoV-2 minkvariant udgjorde 25 % af de sekventerede prøver (figur 6.b og tabel
3.b). Stigningen faldt sammen med en stigning i antallet af smittede minkfarme i regionen
og en stigning i antal smittede personer med tilknytning til minkproduktion (se ovenfor).
Grundet ændret strategi for sekventering af prøver, er der i uge 45 og 46 kun sekventeret
hhv. 19% og 7% af de positive prøver fra Region Midtjylland (tabel 3.b). Estimatet for
Region Midtjylland er derfor forbundet med en del usikkerhed.
Figur 6.a:
Grå: Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 i Region Midtjylland, uge 24-
47. Rød/gul: Antal sekventerede prøver.
Side 10
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0011.png
Figur 6.b:
Relativ fordeling mellem SARS-CoV-2 mink variant virus og andre typer pr.
uge i Region Midtjylland, uge 24-46.
Side 11
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0012.png
Region Syddanmark:
I Region Syddanmark stiger antallet af smittede personer fortsat
og var i uge 47 på det hidtil højeste antal med 1452 nye tilfælde (figur 7.a). Det første
tilfælde med minkvariant sås i uge 43, med en stigning i uge 46, hvor andelen af SARS-
CoV-2 minkvariant udgjorde 9 % af de sekventerede prøver (figur 7.b). Grundet ændret
strategi for sekventering af prøver, er der i uge 45 og 46 kun sekventeret hhv. 21% og 7%
af de positive prøver fra Region Syddanmark (tabel 3.c). Det første tilfælde af smitte hos
personer med tilknytning til minkproduktion blev fundet i uge 42 og har været i kraftig
stigning siden (se ovenfor). Der er desuden fundet et stigende antal smittede
minkbesætninger i Region Syddanmark over de seneste uger (figur 1).
Figur 7.a:
Grå: Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 i Region Syddanmark, uge
24-47. Rød/gul: Antal sekventerede prøver.
Figur 7.b:
Relativ fordeling mellem SARS-CoV-2 mink variant virus og andre typer pr.
uge i Region Syddanmark, uge 24-46.
Side 12
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0013.png
Tabel 2 viser hvor mange bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2, det samlede antal
sekventerede og minkvariant i de forskellige regioner. Den procentvise andel af prøver,
der er sekventeret varierer mellem regionerne og over tid.
Tabel 2:
Antal bekræftede tilfælde af SARS-CoV-2 fra uge 24-46, antal sekventerede
prøver og antal tilfælde af sekventerede prøver med SARS-CoV-2 mink variant virus,
fordelt på regioner samt personer uden bopæl.
Region
Bekræftede
SARS- Antal
Antal minkvariant
CoV-2
sekventerede
Nordjylland
4771
1455
420
Midtjylland
10455
1714
95
Syddanmark
7048
1578
15
Sjælland
5807
1094
10
Hovedstaden
23730
4142
22
Turist/løs arb.
626
114
4
Total DK
52437
10097
566
Andelen af prøver, der er blevet sekventeret varierede fra 5-47 % mellem forskellige uger
og regioner (tabel 3.a-e). Det bør bemærkes at der er foretaget en ændring af strategien
for sekventering af prøver, hvilket betyder at positive prøver fra Region Nordjylland
prioriteres i forhold til øvrige regioner. Dette er særlig tydeligt for ugerne 45 og 46, men
kan også ses i de forudgående uger. Region Nordjylland er den region, der har haft flest
positive prøver med SARS-CoV-2 minkvariant, og i de seneste uger er positive prøver
fra Region Nordjylland sekventeret i meget højere grad end de øvrige regioner (47% af
de positive prøver fra Region Nordjylland i uge 46 og 7-8% af de positive prøver fra de
øvrige regioner i samme uge). På den baggrund bør resultaterne betragtes regionsvist, og
derfor angives ikke en tabel med sekvensresultater for hele landet i dette notat.
Inden for de enkelte regioner foregår der ikke nogen selektion af prøver på personnivea u,
men prøver fra sundhedssporet er underrepræsenteret i forhold til prøver fra
samfundssporet. Det kan muligvis introducere et bias hvis forskellige persongrupper
testes i forskelligt testregi.
Det estimerede antal tilfælde af minkvariant i tabellerne 3.a-e er foretaget under en
antagelse om, at andelen af minkvarianter blandt sekventerede prøver er den samme for
alle påviste tilfælde.
Side 13
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0014.png
Tabel 3.a:
Region Nordjylland
Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel
minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,
forårsaget af minkvarianten.
Antal
Sekventerede
Minkvariant
Estimeret
antal
bekræftede
tilfælde
af
tilfælde
minkvarianten
Antal
Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)
af
sekventerede
bekræftede
(95% CI)
Uge 24-40
1577
473
30%
152
32% (28-37)
507 (441-576)
Uge 41
295
47
16%
28
60% (44-74)
176 (131-217)
Uge 42
330
143
43%
73
51% (43-59)
168 (140-196)
Uge 43
679
43
6%
16
37% (23-53)
253 (156-362)
Uge 44
817
258
32%
43
17% (12-22)
136 (101-178)
Uge 45
588
265
45%
58
22% (17-27)
129 (100-161)
Uge 46
485
226
47%
50
22% (17-28)
107 (82-136)
Tabel 3.b:
Region Midtjylland
Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel
minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,
forårsaget af minkvarianten.
Antal
Sekventerede
Minkvariant
Estimeret
antal
bekræftede
tilfælde
af
tilfælde
minkvarianten
Antal
Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)
af
sekventerede
bekræftede
(95% CI)
Uge 24-40
3597
782
22%
3
0% (0-1)
14 (3-40)
Uge 41
770
107
14%
2
2% (0-7)
14 (2-51)
Uge 42
678
209
31%
6
3% (1-6)
19 (7-42)
Uge 43
1186
59
5%
3
5% (1-14)
60 (13-168)
Uge 44
1293
185
14%
21
11% (7-17)
147 (93-218)
Uge 45
1320
253
19%
30
12% (8-16)
157 (108-218)
Uge 46
1601
119
7%
30
25% (18-34)
404 (283-544)
Tabel 3.c:
Region Syddanmark
Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel
minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,
forårsaget af minkvarianten.
Antal
Sekventerede
Minkvariant
Estimeret
antal
bekræftede
tilfælde
af
tilfælde
minkvarianten
Side 14
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0015.png
Antal
Antal
Uge
Uge
Uge
Uge
Uge
Uge
Uge
24-40
41
42
43
44
45
46
2211
358
548
826
1024
990
1088
864
48
148
53
180
210
75
Andel (%)
af
bekræftede
39%
13%
27%
6%
18%
21%
7%
Antal
0
0
0
1
3
4
7
Andel (%)
sekventerede
(95% CI)
0% (0-0)
0% (0-7)
0% (0-2)
2% (0-11)
2% (0-5)
2% (1-5)
9% (4-18)
af Antal (95% CI)
0 (0-9)
0 (0-26)
0 (0-13)
16 (0-88)
17 (4-49)
19 (5-48)
102 (42-199)
Øvrige regioner.
I Region Sjælland og Region Hovedstaden er der over de seneste uger
påvist sporadiske forekomster af SARS-CoV-2 minkvariant hos smittede personer (3.d
og e), hvilket indikerer en beskeden udbredelse uden for områder med smittede
minkbesætninger.
Tabel 3.d:
Region Sjælland
Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel
minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,
forårsaget af minkvarianten.
Antal
Sekventerede
Minkvariant
Estimeret
antal
bekræftede
tilfælde
af
tilfælde
minkvarianten
Antal
Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)
af
sekventerede
bekræftede
(95% CI)
Uge 24-40
2053
500
24%
1
0% (0-1)
4 (1-23)
Uge 41
226
26
12%
0
0% (0-13)
0 (0-30)
Uge 42
279
93
33%
0
0% (0-4)
0 (0-11)
Uge 43
536
40
7%
2
5% (1-17)
27 (3-91)
Uge 44
829
140
17%
4
3% (8-7)
24 (65-59)
Uge 45
985
226
23%
3
1% (0-4)
13 (3-38)
Uge 46
899
69
8%
0
0% (0-5)
0 (0-47)
Side 15
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0016.png
Tabel 3.e:
Region Hovedstaden
Antal bekræftede SARS-CoV-2 tilfælde, antal sekventerede, herunder hvilken andel
minkvarianten udgør af antal sekventerede prøver, samt estimeret andel af tilfæ lde,
forårsaget af minkvarianten.
Antal
Sekventerede
Minkvariant
Estimeret
antal
bekræftede
tilfælde
af
tilfælde
minkvarianten
Antal
Antal Andel (%) Antal Andel (%) af Antal (95% CI)
af
sekventerede
bekræftede
(95% CI)
Uge 24-40
8659
1805 21%
3
0% (0-0)
14 (3-42)
Uge 41
1019
179
18%
0
0% (0-2)
0 (0-21)
Uge 42
1312
449
34%
1
0% (0-1)
3 (1-16)
Uge 43
2541
140
6%
0
0% (0-3)
0 (0-66)
Uge 44
3456
578
17%
8
1% (1-3)
48 (21-94)
Uge 45
3415
749
22%
7
1% (0-2)
32 (13-65)
Uge 46
3327
242
7%
3
1% (0-4)
41 (9-119)
Side 16
 L 77 - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 127: Spm. om, hvor mange mennesker ved SSI, at mink har smittet, til sundheds- og ældreministeren
2299441_0017.png
Definition og prøver med SARS-CoV-2 minkvariant, mutationer og clustre
SARS-CoV-2 sekvenser fra mennesker og mink analyseres først via en fylogene tisk
analyse*, der inddeler sekvenserne i clustre** baseret på hvor meget de ligner hinanden
over hele SARS-CoV-2 genomet. Hele genomet bruges fordi det giver mest informa tio n
om sekvensernes indbyrdes afstamning. Når vi opgør minkvarianter i rapporten, så har vi
valgt at begrænse det til varianter, der indeholder mutationen*** Y453F i spikeproteinet,
da sekvenser med denne mutation kan spores tilbage til de første udbrud på minkfa r me
og hos personer i Nordjylland. Da S genet (der koder for Spike proteinet) kun udgør en
del af genomet, der anvendes til fylogenien og cluster identifkationen, kan clustrene
indeholde forskellige kombinationer af mutationer i Spike proteinet. Spike protein
mutationerne er derfor ikke nødvendigvis sammenfaldende med clustrene. Der fokuseres
på mutationer i Spike proteinet, da det er dette område der udvikles vacciner imod. Ud
fra dette er der totalt 13 forskellige spikemutationer registreret i mink. Disse
13
mutationer
forekommer i forskellige kombinationer, som udgør en række varianter af
virus. F.eks. har Cluster 5 varianten, som blev brugt i neutralisationstesten, en
kombination af Y453F, 68-69del, I692V og M1229I. Der er registreret i alt
11 variante r
i mink, med kombinationer af Y453F og op til 4 andre spikemutationer. Den variant der
er mest forekommende i mink har to ændringer (Y453F og 68-69del). En del af disse
minkvarianter er kun set i mink, mens andre er observeret i både mink og mennes ker
(cluster 1-5)
. Desuden er der fundet yderligere en række ”minkvarianter” i mennesker.
Dvs. at vi samlet har ”ca. 20 forskellige minkvarianter med forskellige kombinationer af
mutationer i spikeproteinet”. Disse tal forventes løbende at blive ændret, når
flere
sekvenser fra mink og mennesker bliver analyseret.
*En fylogenetisk analyse er en statistisk metode til at analysere sekvenser, her Sars-CoV-
2 sekvenser. Med metoden forsøges at danne et stamtræ over sekvensernes indbyrdes
afstamning.
**Et cluster er betegnelsen for en fylogenetisk gruppering af sekvenser, der har et nylig
fælles slægtskab og minder relativt mere om hinanden end de øvrige sekvenser, der
analyseres.
***En mutation er en ændring af virus arvemateriale i forhold til et kendt
referencegenom. Nogle mutationer medfører at virus proteiner også ændres, og det er
disse der analyseres her. Den minkvariant definerende mutation, der omtales i rapporten
er en ændring, der opstod blandt mink på minkfarme i Nordjylland og som var
kendetegnet ved mutationen Y453F. Denne mutation var ikke på det tidspunkt set hos
andre smittede personer i Danmark. Siden er der i de virus der nedstammer fra denne
første introduktion også opstået andre mutationer i Spike proteinet, som f.eks. dem der
findes i Cluster 5.
Side 17