MOF, Alm.del - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 71: Spm. om dokumentation for vurderinger af, hvordan corona smitter mellem mink og mennesker, til ministeren for fødevarer, fiskeri og ligestilling

Miljø- og Fødevareudvalget 2020-21
MOF Alm.del
Offentligt

Projektleder KU/SSI

Projektgruppe

Anette Boklund (KU)

Anne Sofie Hammer (KU), Anette Bøtner (KU/SSI), Thomas Bruun Rasmussen (SSI),

Graham John Belsham (KU), Tariq Halasa (KU), Søren Saxmose Nielsen (KU), Jens

Frederik Agger (KU), Anders Fomsgaard (SSI), Morten Rasmussen (SSI), Tyra Grove

Krause (SSI), Thomas Richter (SSI), Helle Daugaard Larsen (SSI), Tinna Ravnholt Urt

(SSI), Brian Kristensen (SSI), Jannik Fonager (SSI), Frederikke Kristensen Lomholt

(SSI)

Sten Mortensen, Karsten Aagaard, Stine Kjær-Andersen, Tenna Jensen, Francisco

Fernando Calvo Artavia

Dato for svarfrist

14-10-2020

FVST

2020-14-81-01705

Dato for afsendelse

14-10-2020

061-0115/20-3680

Versionsnummer

SSI

20/06443

Fagfællebedømmer

Kontaktperson i FVST

Dato for henvendelse

19-06-2020

Journalnummer/sagsnummer

Besvarelse vedr.



Epidemiologisk udredning i SARS-COV-2 smittede minkfarme



Conclusion and perspectives



SARS-CoV-2 has not been detected in Danish mink farms until late in the within-farm epidemic. This

complicates and reduces the possibility for implementing biosecurity measures with the purpose of

reducing the risk of virus transmission from mink to humans. Phylogenetic analyses of viruses from

infected mink and from persons connected to mink farms who have been infected with SARS-CoV-2,

together with a comparison of the times of infection and the development of the infection in the mink

farms show that it is extremely likely (95-99% ) that both human-to-mink and mink-to-human

transmission occurs. Survival analysis shows that short distance to the nearest SARS-CoV-2 positive farm

and large farm size has been associated to the risk of infection. It has not been possible to identify other

risk factors. In mink, changes have been detected in several regions of the virus genome, including within

the sequence encoding the spike protein. This protein is important for stimulating immunity during

either infection or after potential vaccination. Such changes could reduce the efficiency with which the

virus is recognized in previously infected or vaccinated subjects, which potentially can result in reduced

herd immunity and reduced vaccine efficacy. In addition, it has been shown that the mink-related virus

variant subsequently forms chains of infection in humans.



Konklusion og perspektivering



SARS-CoV-2 påvises i danske minkfarme sent i smitteforløbet, hvilket vanskeliggør en rettidig indsats

med henblik på at reducere risikoen for, at der sker smitte fra mink til mennesker. Fylogenetiske analyser

af virus fra smittede mink og fra personer, der har relation til minkfarme og har været smittet med SARS-

CoV-2, sammenholdt med tidspunkter for smitte og udviklingen af infektionen i minkfarmene viser, at

det er ekstremt sandsynligt (95-99%), at såvel smitte fra menneske til mink, såvel som fra mink til

menneske, forekommer. En overlevelsesanalyse viser, at kort afstand til smittede minkfarme og stor

besætningsstørrelse er sammenhængende med øget risiko for, at en minkfarm bliver smittet med SARS-

CoV-2. Det har ikke været muligt at påvise andre risikofaktorer.

I mink er der påvist ændringer i flere områder af virusgenomet, blandt andet det område, der koder for

spike-proteinet, som er essentielt for immunitet efter overstået infektion og/eller vaccination. Sådanne

Side

MOF, Alm.del - 2020-21 - Endeligt svar på spørgsmål 71: Spm. om dokumentation for vurderinger af, hvordan corona smitter mellem mink og mennesker, til ministeren for fødevarer, fiskeri og ligestilling

ændringer kan potentielt resultere i reduceret genkendelse af virus i tidligere inficerede individer, hvilket

potentielt kan medføre, at flokimmunitet ikke kan opstå, og at vacciner ikke vil virke. Derudover er det

påvist, at den mink-relaterede virus-variant efterfølgende danner humane smittekæder i samfundet.



Baggrund, relevans og perspektiv

Fødevarestyrelsen

har bedt DK-VET konsortiet om at foretage en epidemiologisk udredning i minkfarme,

der konstateres smittede med SARS-CoV-2. Følgende spørgsmål ønskes belyst:

a. Afklare

hvor hurtigt infektionen spredes blandt mink

og eventuelle andre modtagelige

dyrearter på farmen

b. Om SARS-COV2 virus

ophører

med at spredes blandt minkene igen

c. Om SARS-COV2 spredes til mennesker

på

farmen (i samarbejde m. Styrelsen for

Patientsikkerhed)

d. Om SARS-COV2 spredes til mennesker

nær

farmen (i samarbejde m. Styrelsen for

Patientsikkerhed)

e. Samt kortlægge

smitteveje

gennem analyser af positive virusprøver hos mink og

udbrudsudredninger fra personer.

Desuden ønskes det beskrevet, hvor længe SARS-CoV-2 har cirkuleret på farmen, hvor stor dødeligheden

på farmen har været, hvilke kontakter der har været ind og ud af farmen, om der findes virus i støv i og

omkring farmen, og hvad infektionsstatus der er på hund og katte på farmen. Desuden ønskes

fuldgenomsekvensanalyser af isolater fra mink og personer tilknyttet farmen.

Metode, data m.m.

Data

er indsamlet ved brug af spørgeskemaer fra farmene rekvireret fra FVST, ved analyser af prøver fra

farmene, hhv. for mink og mennesker tilknyttet farmen, om muligt fra døde mink fra fryseren på farmen,

fra evt. hunde og katte på farmen, og fra air-samplere der bruges på og omkring farmen. Der køres

fuldgenomsekvensanalyser fra et passende antal prøver, baseret på antallet af positive på den enkelte

farm og mængden af virus i de enkelte prøver. Resultaterne opgøres og afrapporteres første gang 26-06-

2020 og derefter hver anden uge.

SSI opgør antallet af smittede personer i Hjørring/Frederikshavn baseret på databaseudtræk, inddelt på

personer med/uden relation til mink og med/uden den virus-type, der er sekventeret fra mink-

besætningerne.

På human-siden indsamles desuden data ved hjælp af et spørgeskema og testresultater fra husstande og

medarbejdere på COVID-19-positive minkfarme. I et samarbejde mellem SSI, DK-VET, Styrelsen for

Patientsikkerhed og Fødevarestyrelsen benyttes de indsamlede oplysninger til at afdække sandsynlige

smittekæder. Ved hjælp af sekvensanalyse afgøres det, om der er tale om sammenhæng mellem

konstaterede tilfælde af COVID-19 og minkfarme.

Epidemien gøres op i to faser, hhv. periode 1 frem til 18-07-2020 og periode 2 fra 19-07-2020 og frem.

For at estimere risikoen for, at minkfarme smittes over tid og effekten af mulige risikofaktorer, er der

blevet

kørt overlevelsesa al se ed s itte so ”Eve t” og tid til s itte so ”Ti e”.

Følgende

potentielle risikofaktorer blev undersøgt: besætningsstørrelse (antal mink), afstand til nærmeste farm,

afstand til nærmest smittede farm, dyrlægepraksis, og fodercentral. Data til analysen er indhentet fra det

centrale husdyrbrugsregister (CHR) og, for foderleverandører, fra Kopenhagen FUR. Startdato for

beregning af risikoperioden blev sat til den 1. juni 2020, og sidste dato var den 30. september 2020. Vi

har brugt mistankedato som infektionsdato for de smittede farme, fordi virus påvises efterfølgende og

Side

farmen derfor må formodes at have været smittet på mistanketidspunktet. Alle farme fra de tre

kommuner med smittede farme (Frederikshavn, Læsø, Hjørring) blev inkluderet i analysen. De første 33

smittede farme blev inkluderet som smittede, mens alle andre farme blev antaget at være modtagelige.

Analysen blev først kørt med de potentielle risikofaktorer enkeltvis og derefter i forskellige

kombinationer. Interaktioner blev testet kun for de variabler, der var signifikante på en p-værdi < 0.05.

A al se lev kørt i R R Core Tea ,

i pakke ” o e” Ther eau,

. Esti eri g af de

forklare de varia s var aseret på pakke ”survMis ” Dardis

På basis af data fra farm 2, som blev opdaget tidligt i infektionsforløbet, er der blevet udviklet en SEIR-

model med det formål at simulere smitteforløbet i øvrige minkfarme smittet med SARS-CoV-2. Fra farm 2

er der 3 gange indsamlet svælgprøver fra mink; i første prøverunde var 12.5% positive i PCR, i den anden

prøverunde (4 dage senere) var 92% positive i PCR og i tredje prøverunde var 95% positive i PCR og 97%

serologisk positive. Disse oplysninger blev brugt til at producere en standard infektionskurve, som siden

blev brugt til bestemmelse af introduktionstiden. Først blev der udviklet en simpel SIR individ-baseret

model, som simulerer spredning af SARS-CoV-2 mellem dyr i en mink farm. I modellen har vi antaget, at

antal dyr var 4200 svarende til farm 2, og at der er homogen blanding mellem dyr. Den infektiøse periode

blev simuleret med en mest sandsynlig værdi på 5 dage (Kissler et al., 2020), men varierende mellem 4

og 6 dage. Transmissionsraten (beta), som beskriver den rate modtagelige dyr bliver smittet med SARS-

CoV-2 på en tidsenhed (her én dag), blev brugt som en kalibreringsfaktor til at teste, hvor høj beta skal

være for at reproducere en stigning i kumulativ incidens fra 12.5% til 92% i løbet af 4 dage, svarende til

forløbet hos voksne mink på farm 2. Simuleringerne blev kørt med 12.5% af dyrene smittet initialt og

med forskellige transmissionsrater. En transmissionsrate på 1.45 viste sig at repræsentere en passende

stigning i den kumulative incidens (bilag, figur A).

På baggrund af denne transmissionsrate blev der udviklet en individ-baseret SEIR model, som simulerer

spredning af SARS-CoV-2 imellem dyr i en minkfarm. SEIR modellen har den samme struktur, som SIR-

modellen beskrevet ovenfor, men der er tilføjet en latensperiode på 1-3 dage, hvor individerne ikke

udskiller virus, inden de bliver infektiøse. Modellen blev initieret med 1, 5 eller 10 smittede dyr for at

afspejle forskellige typer af introduktioner af virus til farmen. Modellen blev bagefter kørt i 100

iterationer (gentagelser) for at inkludere stokastisk variation.

For at prædiktere antallet af nye smittede besætninger er der udviklet en statistisk model baseret på

data med smittede farme (farm 4 - 81). Det daglige antal smittede farme analyseres i en Poisson

regressionsmodel med start den 12. august 2020. Smittedatoen for disse farme er estimeret baseret på

vores tidligere modelberegninger fra den epidemiologiske udredningsrapport indsendt den 2. oktober

2020. Selvom modellen er baseret på smittedatoen, tager vi hensyn til, at der er forsinkelse i opdagelsen

af smittede farme, og det er datoen for påvisning af SARS-CoV-2, der prædikteret i modellen.

Resultater

Smittede minkfarme

I den første fase af epidemien (frem til 18-07-2020) blev SARS-CoV-2 påvist i 3 danske minkbesætninger,

heraf 2 beliggende i Hjørring kommune og 1 i Frederikshavn kommune. I perioden 04-07-2020 til 11-08-

2020 blev der ikke konstateret SARS-CoV-2 i danske mink. Og i perioden fra 12-08-2020 til 13-10-2020

blev SARS-CoV-2 påvist i 77 danske minkfarme, fordelt på følgende kommuner; 32 i Hjørring, 19 i

Frederikshavn, 2 i Læsø, 4 i Brønderslev, 14 i Jammerbugt, 2 i Ikast-Brande, 3 i Ringkøbing-Skjern og 5 i

Aalborg (figur 1 & bilag, figur C). Baseret på udviklingen frem til 13-10-2020 forudses en eksponentiel

stigning i antallet af smittede farme over de kommende uger (figur 1). Prædiktionen tager dog ikke den

iværksatte aflivning af smittede minkfarme, samt nabofarme, i betragtning.

Side

Humane påvisninger

I perioden 08-06-2020 til 04-07-2020 blev SARS-CoV-2 påvist hos 90 personer i kommunerne Hjørring og

Frederikshavn. I perioden fra 05-07-2020 til 18-07-2020 blev der ikke påvist SARS-CoV-2 hos nogen

personer bosiddende i de to kommuner, mens der i perioden 19-07-2020 til 12-10-2020 blev påvist SARS-

CoV-2 hos 483 personer (tabel 1). Af de 97 sekventerede prøver fra den seneste periode indeholdt 38

prøver de minkspecifikke mutationer. Til sammenligning blev SARS-CoV-2 påvist hos 1716 personer i hele

region Nordjylland i perioden 19-07-2020 til 12-10-2020 (tabel 2, figur 2), heraf er 277 blevet sekventeret

og 46 prøver indeholdte de minkspecifikke mutationer.

I perioden fra 09-07-2020 til 22-07-2020 er minkvarianten påvist hos syv personer bosiddende i

Region Nordjylland, heraf to personer bosiddende i kommunerne Hjørring eller Frederikshavn.

I fase to af epidemien i mink, blev der første gang fundet bekræftede tilfælde blandt personer

registret på SSI’s liste over perso er ed tilknytning

til mink (minklisten) d. 12-08-2020. I uge 33 blev der i

alt fundet fire bekræftede tilfælde blandt personer på minklisten. Herefter er der sket en gradvis stigning i

antal bekræftede tilfælde til 42 i uge 40 og 35 tilfælde i uge 41. I fase to af epidemien i mink er der i alt

fundet 48 tilfælde af minkvarianten i hele Danmark, heraf 46 i hele Region Nordjylland og to tilfælde i hhv.

Aarhus Kommune med kendt relation til minkfarm og i Ballerup Kommune uden kendt kontakt til en

minkfarm. Ud af de 48 bekræftede tilfælde med minkvarianten er de 17 personer tilknyttet minklisten.

Der er desuden set samfundssmitte med minkvarianten hos mindst tre personer i Region Nordjylland i

forbindelse med et kursus, hvor indekspersonen var en person bosat på en smittet minkfarm.

Tabel 1:

Antal af personer der har fået påvist SARS-CoV-2 i kommunerne Hjørring og Frederikshavn.

Tidsperiode

08.06.20

–

04.07.20

05.07.20

–

18.07.20

19.07.20

–

12.10.20

Hele perioden

Minkvariant

Ikke minkvariant

Ingen sekvensresultat

386

417

Total

483

573

Tabel 2:

Antal af personer der har fået påvist SARS-CoV-2 i hele Region Nordjylland

Tidsperiode

08.06.20

–

04.07.20

05.07.20

–

18.07.20

19.07.20

–

12.10.20

Hele perioden

Minkvariant

122

Ikke minkvariant

231

234

Ingen sekvensresultat

1439

1520

Total

136

1716

1876

Aalborg

Ringkøbing-

Skjern

Ikast-Brande

Jammerbugt

Brønderslev

Læsø

Frederikshavn

Antal smittede minkfarme

Hjørring

24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42

Uge

Prædiktion

Figur 1:

Udvikling i antallet af danske minkfarme hvori der er påvist SARS-CoV-2 i ugerne 24 til 41 (13-10-2020) gjort

op på mistankedato, inkl. prædiktion for de kommende uger.

Side

350

300

Antal smittede persioner

250

200

Ikke sekventeret

150

100

24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42

Uge

Ikke minkvariant

Minkvariant

Figur 2.

Antal humane tilfælde af SARS-CoV-2 i Region Nordjylland fordelt på uge for prøvetagningsdato opdelt i

minkvariant, ikke minkvariant og ingen sekvensresultat.

Der er et tidsmæssigt sammenfald i stigningen af antallet af SARS-CoV-2-positive personer med relation til

mink, stigningen i af antallet af positive minkfarme (figur 1) og stigningen af antallet af personer smittet

med SARS-CoV-2 generelt (figur 2). I august var det udelukkende farme i Hjørring kommune, og personer

tilknyttet farme i Hjørring, der blev smittet. I september blev gradvist flere minkfarme og tilknyttede

personer smittet i Hjørring kommune, og derefter i Frederikshavns Kommune. I løbet af de seneste to

uger (29/9-12/10) er den geografiske spredning taget til, og SARS-CoV-2 er nu påvist hos minkrelaterede

personer i 12 kommuner, samt minkfarme i 8 kommuner (tabel 3).

Sammenlagt er der i hele perioden fra maj til oktober 2020 påvist SARS-CoV-2 hos 32% af de

minkrelaterede personer i Hjørring kommune og hos 21% af de minkrelaterede personer i Frederikshavn

kommune. I resten af landet (kommuner, der ikke er listet i tabel 3) er SARS-CoV-2 påvist hos 0,36% af

personer med tilknytning til minkfarme, eller hos 0,56% af de personer uden tilknytning til mink.

Tabel 3:

Fordeling af minkfarme smittet med SARS-CoV-2, antallet af minkfarme og antal personer smittet med

SARS-CoV-2 og med relation til mink pr. kommune pr. 12. oktober 2020.

# positive # mistanke

Dato 1. farm i

Antal farme i

Pos (%) af total antal

farme

kommunen

personer m relation til mink

Hjørring

31 (48%)

12. aug.

64/200

(32%)

Frederikshavn

18 (29%)

9. sept

36/170

(21%)

Læsø

2 (25%)

24. sept

6/28

(21%)

Brønderslev

3 (13%)

29. sept

4/71

(6%)

Jammerbugt

13 (18%)

30. sept

13/181

(7%)

Aalborg

5 (18%)

5.okt

4/101

(4%)

Viborg

0 (0%)

2. okt

3/62

(5%)

Vesthimmerland

0 (0%)

5. okt

1/79

(1%)

Ikast-Brande

2 (8%)

2. okt

3/77

(4%)

Rebild

0 (0%)

5. okt

1/43

(2%)

Ringkøbing-Skjern

3 (3%)

7. okt

6/260

(2%)

Struer

0 (0%)

12. okt

1/103

(1%)

I alt

77 (16%)*

55*

471

142**/1.375 (11%)

*FVST har fratrukket en nu fritestet farm 4. Den tælles med her, da den har været positiv. **):Fem PCR-positive personer er ikke

tilknyttet smittede mink.

Kommune

Side

Kliniske symptomer

Blandt 25 af de smittede farme i anden periode af epidemien havde 7 minkavlere ikke observeret kliniske

s pto er eller øget dødelighed la dt i ke e på det tidspu kt FVST’s d rlæger foretog

mistankebesøg i besætningen, mens 15 minkavlere havde observeret mindst 1 symptom. De symptomer,

der oftest var observeret på det tidspunkt mistankebesøget blev foretaget, var næseflåd,

luftvejssymptomer, manglende ædelyst og øget dødelighed (tabel 4). Da minkavlerne blev kontaktet igen

telefonisk af KU, havde 6 ud af 20 minkavlere (ikke nødvendigvis de samme farme, men med et stort

overlap og stadig i

a de periode af epide ie ikke o serveret kli iske s pto er. Ved såvel FVST’s

besøg som ved de telefoniske interviews var næseflåd, luftvejssymptomer og manglede ædelyst de

symptomer, som oftest blev angivet.

Tabel 4:

Antal farme smittet med SARS-CoV-2, hvor følgende kliniske symptomer er observeret i forbindelse med

mistankebesøg vedr. SARS-CoV-2. Det er ikke nødvendigvis de samme farme der indgår i alle kolonner.

Symptom

Mistanke besøg

(25 farme)

Observationer angivet

ved telefoninterview

(20 farme)

Næseflåd

Nysen

Luftvejssymptomer (inkl. pusten)

Nedstemthed

Manglende ædelyst

Diarré

Øget dødelighed

Ingen symptomer

De tre minkfarme, hvori der blev påvist SARS-CoV-2 i den første periode af epidemien, blev alle tre fundet

på baggrund af at personer med relation til mink blev fundet positive for SARS-CoV-2. I farm 1 blev SARS-

CoV-2 påvist sent i infektionsforløbet, baseret på prævalensen af PCR-positive på prøvedato 1 og 2, samt

seroprævalensen på prøvedato 2. I farm 2 blev SARS-CoV-2 påvist tidligt i infektionsforløbet, baseret på

tilsvarende data (tabel 5a).

I anden fase af epidemien er det kun lykkedes at påvise SARS-CoV-2 tidligt i infektionsforløbet i

ganske få farme. I størstedelen af de smittede farme er prævalensen af PCR-positive dyr >75% i alle

smittede farme ved første prøveudtagning. I farm 5 er prævalensen lav ved første prøveudtagning, men

endnu lavere ved næste prøveudtagning 2 dage senere, hvilket indikerer, at epidemien inden for denne

farm har toppet nogen tid inden første prøveudtagning (tabel 5a). I andre farme er både prævalensen af

PCR positive mink og seroprævalensen lav ved første prøveudtagning, hvilket indikerer, at det af og til

lykkes at finde smittede farme tidligt i infektionsforløbet. Dog er prævalensen af PCR-positive ved første

prøveudtagning og fra farm 20 og frem 100% i 49 ud af 62 smittede farme (tabel 5a og 5b). Desuden er 36

af disse 62 smittede farme sat under mistanke på baggrund af en klinisk mistanke, hvilket kun var

tilfældet for 3 ud af 19 minkfarme i perioden før midt september.

Baseret på en prævalenskurve fremstillet ved simuleringer af spredning af SARS-CoV-2 i farm 2, samt

prævalenserne af PCR-positive i levende mink på de to prøvedatoer, vurderes det at være sandsynligt (66-

90%) at introduktionen af virus i minkfarmene er sket 14-18 dage før første prøveudtagning. Dog vurderes

introduktionen i farm 5 at være sket tidligere, baseret på den lave prævalens af PCR-positive ved første

prøvedato og en faldende prævalens mellem dato 1 og dato 2. Figur B i bilaget viser de simulerede

kumulative prævalenser af PCR-positive mink, som danner grundlagt for de estimerede tidspunkter for

introduktion.

Ud af 27 af de smittede farme (hele epidemien) havde 24 et rent og fungerende forrum, mens 3 ikke

havde forrum. Desuden havde 20 el-hegn omkring farmen og på kun en enkelt farm blev det vurderet at

der kunne passere dyr over hegnet (via bevoksning el. lign.).

Side

Tabel 5a:

PCR- og antistof prævalenser beregnet på grundlag af svælgsvabre og blodprøver fra levende mink ved

hhv. prøvetagning i forbindelse med mistanke og prøvetagning i forbindelse med opfølgende besøg (farm 1-40).

Farm

Mistanke opstået på

baggrund af

Prøvedato1,

mistanke

Prøvedato2,

opfølgning

PCR-prævalens,

prøvedato1 (%)

100

12,5

100

76,7

36,7

86,7

100

96,7

100

96,9

100

86,7

100

60,0

70,0

80,0

100

93,3

96,7

100

96,8

100

PCR-prævalens,

prøvedato2 (%)

100

21,7

55,9

16,7

48,3

36,7

10,0

26,7

23,3

53,3

50,0

16,7

Antistof-

prævalens,

prøvedato2 (%)

100

COVID-19 positiv person

14-06-2020

17-06-2020

COVID-19 positiv person

18-06-2020

22-06-2020

COVID-19 positiv person

29-06-2020

02-07-2020

Early warning

–

runde 2

13-08-2020

19-08-2020

Early warning - runde 2

24-08-2020

26-08-2020

COVID-19 positiv person

31-08-2020

03-09-2020

COVID-19 positiv person

01-09-2020

08-09-2020

Klinisk mistanke

01-09-2020

10-09-2020

COVID-19 positiv person

02-09-2020

08-09-2020

COVID-19 positiv person

08-09-2020

15-09-2020

Klinisk mistanke

09-09-2020

16-09-2020

COVID-19 positiv person

09-09-2020

17-09-2020

Klinisk mistanke

10-09-2020

18-09-2020

COVID-19 positiv person

14-09-2020

24-09-2020

Early warning - runde 3

14-09-2020

23-09-2020

Early warning - runde 3

14-09-2020

22-09-2020

Early warning - runde 3

11-09-2020

25-09-2020

COVID-19 positiv person

15-09-2020

Early warning - runde 3

15-09-2020

COVID-19 positiv person

17-09-2020

Klinisk mistanke

22-09-2020

Klinisk mistanke

22-09-2020

Klinisk mistanke

22-09-2020

Klinisk mistanke

22-09-2020

COVID-19 positiv person

23-09-2020

Klinisk mistanke

24-09-2020

Klinisk mistanke

24-09-2020

Klinisk mistanke

25-09-2020

Klinisk mistanke

25-09-2020

Early warning - runde 3

25-09-2020

COVID-19 positiv person

25-09-2020

COVID-19 positiv person

25-09-2020

COVID-19 positiv person

25-09-2020

COVID-19 positiv person

28-09-2020

Early warning - runde 3

28-09-2020

Klinisk mistanke

28-09-2020

Klinisk mistanke

28-09-2020

Klinisk mistanke

28-09-2020

Klinisk mistanke

29-09-2020

Klinisk mistanke

29-09-2020

disse to farme er der taget blodprøver til serologisk undersøgelse på prøvedato1

100

100*

30*

100*

Side

Tabel 5b:

PCR- og antistof prævalenser beregnet på grundlag af svælgsvabre og blodprøver fra levende mink ved

hhv. prøvetagning i forbindelse med mistanke og prøvetagning i forbindelse med opfølgende besøg.

Farm

Mistanke opstået på

baggrund af

Prøvedato1,

mistanke

Prøvedato2,

opfølgning

PCR-prævalens,

prøvedato1 (%)

PCR-prævalens,

prøvedato2 (%)

Antistof-

prævalens,

prøvedato1

(%)*

100

63.63

100

Klinisk mistanke

29-09-2020

Klinisk mistanke

30-09-2020

Klinisk mistanke

30-09-2020

Klinisk mistanke

01-10-2020

Klinisk mistanke

01-10-2020

Klinisk mistanke

01-10-2020

Klinisk mistanke

01-10-2020

Kontaktbesætning

Klinisk mistanke

02-10-2020

Klinisk mistanke

02-10-2020

COVID-19 positiv person

02-10-2020

Klinisk mistanke

02-10-2020

COVID-19 positiv person

05-10-2020

Early warning - runde 4

02-10-2020

Klinisk mistanke

05-10-2020

Early warning - runde 4

05-10-2020

Klinisk mistanke

05-10-2020

COVID-19 positiv person

05-10-2020

Klinisk mistanke

05-10-2020

Early warning - runde 4

06-10-2020

Kontaktbesætning

06-10-2020

COVID-19 positiv person

06-10-2020

Klinisk mistanke

06-10-2020

Kontaktbesætning

06-10-2020

Kontaktbesætning

07-10-2020

Klinisk mistanke

07-10-2020

Early warning - runde 4

07-10-2020

Kontaktbesætning

07-10-2020

Klinisk mistanke

08-10-2020

Kontaktbesætning

08-10-2020

Klinisk mistanke

08-10-2020

COVID-19 positiv person

08-10-2020

Klinisk mistanke

08-10-2020

Kontaktbesætning

08-10-2020

Klinisk mistanke

08-10-2020

Klinisk mistanke

08-10-2020

Klinisk mistanke

07-10-2020

Early warning - runde 4

09-10-2020

COVID-19 positiv person

09-10-2020

Klinisk mistanke

09-10-2020

Klinisk mistanke

09-10-2020

disse farme er der taget blodprøver til serologisk undersøgelse på prøvedato1

100

73.33

100

Test af luftprøver

På 12 minkfarme var der inden 30-09-2020 udtaget luftprøver forskellige steder på farmen. På tre farme

blev der fundet positive luftprøver, på to af disse udelukkende i udåndingsluft (airsampler få cm fra

minkens snude), men der på den sidste farm også blev fundet positive luftprøver i midtergangen mellem

rækkerne af minkbure, og ved siloen 2 meter fra hallerne med mink (tabel 6). Ingen luftprøver indsamlet

langs den indvendige side af hegnet eller uden for farmene var positive i PCR. Målingerne blev foretaget

varierende tidsintervaller mellem 5 og 10 minutter.

Side

Tabel 6:

Luftprøver udtaget på danske minkfarme i forbindelse med opfølgende besøg

Farm

Farm 6

Farm 8

Farm 10

Farm 11

Farm 12

Farm 13

Farm 14

Farm 15

Farm 16

Farm 17

I alt

Udåndingsluft

(<10 cm fra snude)

3/4

0/4

0/2

2/2

0/2

2/3

0/2

7/25

Antal positive prøver/antal målinger

Midtergang

Uden for/mellem

Langs hegn/ stationær uden

(1-2 m fra mink)

haller (2-3 m fra mink)

for haller (>3 m fra mink)

1/4

1/1

0/1

0/5

0/1

0/3

0/2

0/1

0/2

0/3

0/2

1/27

1/2

0/17

I alt

5/10

0/10

0/7

0/6

2/6

0/6

2/8

0/6

9/71

Test af foderprøver

Fra første fase af epidemien blev der indsendt 89 foderprøver fra den fodercentral, som havde leveret

foder til 2 af de 3 første smittede besætninger. Foderprøverne var udtaget 13-07-2020 og repræsenterer

individuelle foderbatch produceret i perioden fra 01-03-2020 til 12-07-2020. Der kunne ved undersøgelse af

de 89 indsendte foderprøver ikke påvises SARS-CoV-2 ved PCR.

Der er yderligere blevet indsendt 54 foderprøver fra samme fodercentral fra individuelle foderbatch

produceret i perioden 01-07-2020 til 10-09-2020. Der kunne ved undersøgelse af de 54 indsendte

foderprøver ikke påvises SARS-CoV-2 ved PCR.

For farm 10-17 er der udtaget 3 foderprøver pr. farm. I ingen af disse prøver kunne påvises SARS-CoV-2 ved

PCR.

Overlevelsesanalyse

Resultater fra overlevelsesanalysen viste, at for minkfarme i Hjørring, Frederikshavn og Læsø kommuner er

der signifikant større risiko for at blive smittet med SARS-CoV-2, hvis besætningen ligger tæt ved en smittet

minkfarm (tabel 7). Desuden var minkfarmens størrelse signifikant i analysen, dvs. jo flere mink des højere

risiko for at blive smittet. Der var ingen signifikant effekt af dyrlæge og foderleverandør, ligesom der ikke

kunne påvises interaktion mellem afstand til nærmeste smittede og størrelse af farmen, dvs. at

betydningen af tæthed ikke ændres med stigende farmstørrelse. Modellen forklarede 60% af variationen i

datasættet. Medianen (25-75-percentiler) for afstand fra ikke-smittede minkfarme til nærmeste smittede

minkfarm var 3,85 km (1,99-10,5), mens medianen for afstanden fra smittede farme til nærmeste smittede

var 1,7 km (0,88-2,27). Smittede minkfarme havde i medianen 10.500 mink (4200-16.500), mens ikke-

smittede minkfarme i området i medianen havde 7000 mink (2456-12.125).

Tabel 7:

Resultater af overlevelsesmodel med besætningsstørrelse og afstand til nærmeste smittede farm som sign.

Risikofaktorer.

Risikofaktor

Afstand til nærmeste smittede minkfarm

Besætningsstørrelse

Koefficient

-0.354

0.00041

Hazard ratio

0.702

1.00041

p-værdi

0.0016

0.011

Side

Figur 4:

Sandsynlighed for at der IKKE påvises SARS-CoV-2 i minkfarme i kommunerne Hjørring,

Frederikshavn og Læsø over tid, startende fra 01-06-2020.

Fylogenetiske analyser på mink

Som er resultat af den fylogenetiske analyse var det muligt visuelt at identificere 5 clustre (grupperinger,

figur 5), med spatiale fordeling af clustrene i Vendsyssel vist i figur 6. Nogle af sekvenserne ligger i mere

end et cluster, hvilket kan indikere, at der har været flere separate smitteveje imellem de forskellige

clustre. De 3 sekvenser fra farm 1, der ligger i bunden af træet fra farm 1 repræsenterer de 3 sekvenser, der

først sås på farm 1 uden den afgørende mutation i spike genet (A22920T). Øvrige sekvenser fra farm 1 samt

sekvenser fra farm 2 og 4, der ses ikke-clustrede i træet, kan muligvis indikere overgangsformer mellem

varianterne på de øvrige farme. Der ses begyndende udspaltninger i nye under-clustre i specielt cluster 4,

hvilket viser at virus fortsat udvikler sig. Smitte med virus-typerne fra cluster 1, 3, 4 og 5 ses også blandt

personer.

Fuldgenomsekvenserne viser en række mutationer, som genfindes i både mink og personer relateret til

minkfarmene og i lokalområdet efter 10. juni 2020. De mest markante ændringer er mutationen i det

receptorbindende domæne i Spike-proteinet (A22920T; Y453F) samt deletionen i Spike protein på position

21766-21771. I personen relateret til farm 1, som var testet positiv i midten af maj, og som formodes at

være indeks case, ses mutationen i Spike-proteinet ikke, hvilket underbygger, at ændringen er sket i mink

på farm 1. Deletionen i spike proteinet observeredes første gang på farm 4 og er set blandt mink på farm 4-

19 samt hos personer med tilknytning til farmene. Denne ændring er derfor af nyere dato og er sket ud fra

den først observerede variant med mutation i spike proteinet. Mutationen i Spike-proteinet er ikke tidligere

Side

set på verdensplan udover i SARS-CoV-2 i mink fra én af de inficerede minkfarme i Nederlandene

. Det kan

ud fra fylogenien udelukkes, at der er en epidemiologisk sammenhæng mellem udbruddene i NL og DK, da

virus fra DK tilhører en anden clade end virus fra NL.

En sandsynlig smittevej er derfor, at minkene via mennesker er blevet smittet, og at virus har udviklet sig

gradvist i denne proces. Alternative smitteveje kan dog heller ikke udelukkes. De fylogenetiske analyser kan

ikke alene bruges til udredning af smitteveje, men skal ses i sammenhæng med epidemiologiske

undersøgelser.

Vi følger den clade navngivning der anvendes hos Nextstrain (https://nextstrain.org/blog/2020-06-02-SARSCoV2-clade-naming).

Der er identificeret en række clade definerende mutationer, og derfor findes der ikke et egentligt SNP cut-off

–for

clade

tilhørsforhold, men derimod tilstedeværelsen eller fraværet af specifikke SNP. Den clade de danske minksekvenser befinder sig i

(20B) defineres helt unikt ved tilstedeværelsen af 3 SNP på position 28881, 28882 og 28883. Derudover er der nogle semi-

definerende SNPs. Alle sekvenser fra danske mink og mennesker afviger 4 SNPs fra sekvenserne fra de hollandske udbrud.

Derudover er der andre SNPs, hvor der er mindre forskelle.

Side

Figur 5:

Det fylogenetiske træ viser sekvenser fra Mink (M) og Personer (P, markeret med rød cirkel) med epidemiologisk

kendt tilknytning til farmene. Sekvenserne er fra farmene 1-52.

Side

Figur 6.

Spatial fordeling af virusclustre fra farmene 1-52 (figur 5) i Vendsyssel og

Diskussion

Fase

1 af epidemien:

Baseret på fylogenetiske analyser og tilbagesporing af kontakter er tidspunktet for introduktion i farm 1

med stor sikkerhed bestemt, ligesom det er sandsynliggjort, at en index-person har introduceret virus i

farmen. De fylogenetiske analyser sammenholdt med tidspunktet for påvisning af SARS-CoV-2 i

forskellige personer sandsynliggør, at én person relateret til farm 1 er blevet smittet midt i maj, og virus

er uforvarende introduceret til minkene fra denne eller en nært relateret person. Dernæst er virus

muteret i minkene, hvilket evt. kan have øget transmissionsraten i mink. Én eller flere personer relateret

til farm 1 er dernæst blevet smittet fra mink med stammen med den nye mutation, og dernæst er der

opstået smittekæder i store dele af Hjørring/Frederikshavns-området. I alt er de tre signaturmutationer,

som karakteriserer virusvarianten, der findes i mink og som er undersøgt ved sekventering, fundet i 57

ud af 63 prøver fra kommunerne Hjørring og Frederikshavn, i perioden 08-06-2020 til 04-07-20020. I

samme periode blev minvarianten fundet i 73 ud af 79 personer med sekventerede vira i hele Region

Nordjylland. Der blev i alt fundet 136 personer smittet med SARS-CoV-2 i hele Region Nordjylland i

perioden.

Fase 2 af epidemien:

Introduktionen af virus i den første farm i fase 2 estimeres at være sket i slutningen af juli. På dette

tidspunkt påvises der igen enkelte tilfælde af SARS-CoV-2 i personer bosiddende i kommunerne Hjørring

og Frederikshavn, og minkvarianten påvises i 2 personer bosiddende i kommunerne Hjørring og

Side

Frederikshavn. Det er sandsynligt, at en person relateret til en minkfarm har bragt smitten ind i den

første farm i fase 2, idet en person med direkte relation til farmen har haft symptomer foreneligt med

COVID-19, uden at blive testet ved PCR, i slutningen af juli og pågældende er efterfølgende fundet positiv

ved antistofmåling.

I anden fase af epidemien påvises høje prævalenser af PCR positive mink i stort set alle farme på det

tidspunkt, virus påvises første gang. Dette kan skyldes, at symptomerne generelt er svage og uspecifikke i

minkene, at udviklingen af infektionen inden for minkfarmene er hurtig, og/eller at overvågningen ikke

er tilstrækkelig. Over tid ser prævalensen af PCR-positive ved første prøveudtagning ud til at stige,

ligesom der i to farme er fundet antistoffer allerede ved første prøveudtagning og flere og flere farme er

fundet ved klinisk mistanke. Dette kan skyldes, at der er en høj dyretæthed på farmene nu, med store

hvalpe, der nærmer sig pelsning, og minkene er i gang med at skifte til vinterpels. Desuden kan det tyde

på, at infektionen løber hurtigere igennem farmene, og at nogle af de ændringer, der er set i virus,

medfører en større tilpasning af virus til mink og dermed en højere transmissionsrate og flere

symptomer i minkene. Om dette er tilfældet kan kun afgøres ved udførelse af kliniske

transmissionsforsøg på mink.

De fylogenetiske analyser viser begyndende udspaltninger i nye under-clustre i specielt cluster 3, hvilket

viser at virus fortsat udvikler sig. Der er også observeret udvikling og spredning af andre varianter af

SARS-CoV-2, der ikke er relateret til mink. Men da færre af disse er undersøgt så detaljeret som mink-

varianterne, har vi ikke datagrundlag for at vurderer om sprednings- og udviklingshastigheden af andre

typer svarer til minkvarianterne.

Tidspunktet for introduktion til de enkelte minkfarme blev for størstedelen af farmene estimeret til 14-

18 dage før første prøveudtagning. Der er dog en moderat usikkerhed forbundet med dette estimat,

hvilket hovedsageligt skyldes, at estimatet er baseret på simuleringer, hvor input til simuleringsmodellen

dels er baseret på en enkelt farm (farm 2), dels er suppleret med humane data vedr. den infektiøse

periode, da parametre for mink ikke var til rådighed. Derudover vil en tilpasning af virus til mink have

stor betydning for transmissionsraten, hvorfor perioden fra første prøveudtagning til introduktion må

formodes at være kortere, hvis en tilpasning af virus til mink har fundet sted.

Kun risikofaktorerne besætningsstørrelse og afstand til nærmeste smittede minkfarm var statistisk

signifikante i overlevelsesanalysen. I analysen indgik kun potentielle risikofaktorer, for hvilke der kunne

udtrækkes registerdata. Modellen er kørt på baggrund af udbrudsdata fra 30-09-2020, dvs. at de

minkfarme hvori der var påvist SARS-CoV-2 blev anset for positive fra første mistankedato, mens alle

øvrige minkfarme i de tre kommuner blev anset for negative i hele perioden (01-06-2020-30-09-2020).

Minkfarne, der var under mistanke den 30-09, blev altså anset for værende negative, også selv om SARS-

CoV-2 evt. er blevet påvist senere. Påvisningen af tæthed til nærmeste smittede minkfarm, som en

statistisk signifikant risikofaktor, siger ikke noget om, hvordan virus bringes ind i minkfarmen, men kan

blot være et udtryk for, at smitten kan foregå over relative korte afstande. Det har dermed ikke været

muligt at vise, om det er gentagne humane introduktioner, der smitter minkfarmene, eller om der er tale

om andre smitteveje i lokalområdet.

I forbindelse med den epidemiologiske udredning af de smittede farme har adskillige potentielle

risikofaktorer været foreslået og undersøgt. En vurdering af risikoen forbundet med ræv, mårhund, katte

mv. er tidligere foretaget af DK-VET,

hvori der ko kluderes følge de: ”Baseret på de uvære de

oplysninger er det ikke muligt med sikkerhed at vurdere risikoen forbundet med spredning af SARS-CoV-

2 mellem danske minkfarm via mårhunde, måger, katte og hunde. Baseret på den eksisterende hegning

af danske minkfarme, samt eksperimentelle studier, der viser forskellige arters evne til at smitte med

SARS-CoV-2 og forekomsten af arterne i Hjørring og Frederikshavn, vurderes det at være

usandsynligt (1-

Side

10%)

at SARS-CoV-2 er spredt mellem danske minkfarme med ræv, mårhund kat, mink, ilder og mår,

ekstremt usandsynligt (0,001-0,1%)

at smitten er spredt mellem danske minkfarme med måger, og

meget usandsynligt (0,1-1%),

at hunde har overført SARS-CoV-2 mellem danske minkfarme.” Der er på

grundlag af den epidemiologiske udredning ikke baggrund for at ændre denne tidligere vurdering.

På grund af manglende viden om smittevejene mellem minkfarmene, er det ikke muligt at udvikle

modeller, der simulerer spredning af SARS-CoV-2 mellem minkfarme og dermed forudsige antallet af nye

smittede farme. Derfor blev der udviklet en simpel løsning til at prædiktere antallet af nye smittede

farme i Danmark baseret på udviklingen af antallet af smittede farme i perioden 12-08-2020 til 13-10-

2020. Denne model tager ikke hensyn til spatielle effekter, hvor tætheden til andre smittede farme kan

påvirke sandsynligheden for at en ny farm smittes. Modellen kan således ikke prædiktere, hvor i landet

de kommende udbrud kan forventes. På nuværende tidspunkt vides det ikke, hvilke smitteveje der driver

epidemien. Modellen tager desuden ikke hensyn til effekten af nedslagning af smittede farme og farme i

7.8 km radius fra de smittet farm.

Mutationen i det receptorbindende domæne i Spike-proteinet (A22920T), der observeres i 4 ud af 8 mink

fra farm 1 samt i alle efterfølgende sekvenser fra farmene 2 til 19, er ikke tidligere set på verdensplan

udover i SARS-CoV-2 i mink fra flere af de inficerede minkfarme i Nederlandene. Mutationen resulterer i

aminosyreændringen Y453F på position 453 i Spike-proteinet. Denne aminosyreposition er

højkonserveret i SARS-relaterede coronavirus og er lokaliseret i det receptorbindende domæne, som er

kritisk for interaktion mellem virus og værtsreceptor.

Derudover er de to observerede varianter (mutationen og deletionen), som er opstået i mink, også

bekymrende, da de ligeledes forekommer i genet, der koder for Spike proteinet. Spike proteinet

anvendes af virus til at inficere kroppens celler med og er også dette som man udvikler vacciner imod.

Ligeledes menes proteinet også at være vigtigt for udviklingen af immunitet efter en overstået infektion.

Der er derfor en mulighed for, at de virus, hvor der er sket sådanne ændringer, kan mindske eller

eliminere effekten af samtlige spike-baserede anti-COVID19 vacciner, ligesom det kan øge

sandsynligheden for, at folk der allerede har været smittet, kan blive smittet igen med disse

virusvarianter, så flokimmunitet udebliver.

Som følge af, at der fortsat påvises farme med ny-introduktioner af SARS-CoV-2 i flere Nordjyske

kommuner, vurderes det, at de forbyggende tiltag der er iværksat i minkfarme enten ikke virker, eller at

der endnu ikke har været tid nok til at tiltagene er blevet tilstrækkeligt implementeret. Desuden

vurderes det, at den hurtige transmission blandt mink sammenholdt med, at det ikke er lykkedes at

smitteopspore SARS-CoV-2 positive personer inden minkene smittes, betyder, at yderligere beskyttende

tiltag blandt personer, der færdes på smittede farme, ikke får den ønskede effekt. Påvisningen af

minkvarianten i to personer, der havde været på kursus med en person, som siden blev testet positiv for

Covid19 og var relateret til en minkfarm, viser at minkvarianter af virus fortsat kan danne smittekæder til

resten af samfundet, ligesom det tidligere var vist i fase 1 af minkepidemien. Den fortsatte udvikling af

virus i mink med flere og flere mutationer i spike-proteinet og spredning ved videresmitte til mennesker i

Danmark udgør en potentiel fare for folkesundheden og for de forventede effekter af en vaccine.

Side

References:

Dardis C, 2018. survMisc: Miscellaneous Functions for Survival Data. R package version 0.5.5.

https://CRAN.R-project.org/package=survMisc

Kissler SM, Tedijanto C, Goldstein E, Grad YH, and Lipsitch M. 2020 Projecting the transmission dynamics of

SARS-CoV-2 through the postpandemic period. Science 368:860-868

R Core Team, 2020. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical

Computing, Vienna, Austria. URL

https://www.R-project.org/.

Therneau TM, 2020. coxme: Mixed Effects Cox Models. R package version 2.2-16.

https://CRAN.R-project.org/package=coxme

Side

Bilag 1:

Figur A:

Kumulativ incidens af positive individer simuleret for farm 2 på baggrund af prævalensen af PCR

positive voksne mink på to prøvedatoer med 4 dages mellemrum. Nedenstående kurve er opnået ved en

transmissionsrate (β) på 1,45.

Side

Figur B:

Simulerede kurver over kumulativ incidens af PCR-positive i en farm svarende til farm 2. Fra venstre

mod højre er epidemien startet i hhv. 1, 5 eller 10 mink. De vandrette linjer angiver en prævalens på hhv.

12,5% og 92%.

Aalborg

Ringkøbing-Skjern

Ikast-Brande

Jammerbugt

Brønderslev

Læsø

Frederikshavn

Antal smittede minkfarme

Figur C:

Udvikling i antallet af danske minkfarme hvori der er påvist SARS-CoV-2 i ugerne 24 til 41 (13-10-2020) gjort

op på mistankedato.

Uge

Side

Hjørring

Bilag 2:

Er vedlagt rapporten som pdf og beskriver tidsforløbet for hver enkelt farm (farm 1-77).

Øverste række angiver den estimeret tid fra virus introduktion i besætningen (blå bar) til mistanke (orange

bar) og påvisning (rød bar) af SARS-CoV-2 i mink.

For farme, der har sendt ind til early warning (EW) af døde mink, er der i de næste rækker angivet negative

early warning prøver med grønne prikker og positive med røde prikker.

Prøvesvar for personer relateret til farmen er angivet i de nederste rækker for hhv. PCR positive og negative

svar, samt antistof (AB) positive og negative svar. For hver farm er samme person er angivet med samme

farve.

Teksterne kan overlappe og derfor være svære at læse, i tilfælde af lange tekster eller mange prøver. Dette

er beklageligt, og vil forsøge at blive rettet op i næste version.

Side