Et andet i Danmark meget omtalt problem med havdageordningen er, at den har medvirket til at omkring 100 danske fiskefartøjer er blevet til såkaldte spøgelsesskibe. Det vil sige, at fartøjsejerne har solgt fartøjernes kvoter, havdage og kapacitet, og at fartøjerne ligger inaktive i havnene. Grunden til, at fartøjsejerne beholder dem, i stedet for at de bliver ophugget eller på anden måde permanent udtages, er, at det fysiske fartøj med passende historik har tilknyttet havdage, som under den nuværende ordning kun med sikkerhed kan aktiveres i forholdet 1:1, hvis fartøjet fysisk er til stede.